m6A修飾圖譜構建及作用機制:通過m6A甲基化測序(MeRIP-Seq,miCLIP)構建疾病細胞模型或者發病組織的m6A修飾譜,分析m6A的motif,peaks數量及分布,Peak關聯基因的特征,聯合RNA-seq研究m6A甲基化與表達的關系。m6A研究思路方案一方案二研究案例1、.(IF=)為研究ALKBH5的m6A作用機制,作者利用芯片和m6A-seq篩選到膠質瘤增殖相關的FOXM1,通過qPCR、WB、免疫熒光、核質分離WB/qPCR、RIP和MeRIP等實驗證明ALKBH5通過去甲基化調節FOXM1在GSCs中的表達。為研究ALKBH5對FOXM1的作用是否受其他因子的調節,作者研究了FOXM1的鄰近基因,發現lncRNAFOXM1-AS與FOXM1序列互補,且共表達、共定位,進一步通過RIP,RNApulldown等實驗證明lncRNAFOXM1-AS促進ALKBH5和FOXM1初級轉錄本的相互作用。通過細胞實驗進一步驗證ALKBH5在lncRNAFOXM1-AS的作用下維持FOXM1的表達和細胞增殖,從而維持GSCs的干性。圖3ALKBH5敲除細胞中m6A修飾的特征和基因表達的變化2、RNAN6-methyladenosinemethyltransferaseMETTL3promoteslivercancerprogressionHepatology,2017.(IF=)表觀遺傳改變極大地促進了人類癥的發生。傳統的表觀遺傳研究主要集中在DNA甲基化,組蛋白修飾和染色質重構。近。動物疾病模型作為研究工具,在探索疾病發展和檢查的過程中發揮了巨大的作用。黑龍江組織科研技術服務實驗

用途基因功能研究、免/殺傷/增殖等、抗體活性篩選(細胞水平的結合和阻斷)、CAR分子的殺傷活性評價。材料與儀器(以慢pMSCV載體為例)包含目的基因和eGFP-Tag的pMSCV質粒、帶有eGFP-Tag的pMSCV空載質粒、GAG質粒、VSV質粒、Puromycin、Polybrene、Lipo3000、HEK293T細胞、opti-MEM、DMEM、FBS、雙抗、μm的濾膜、熒光顯微鏡等。步驟1、基因的構建1)根據目的基因mRNA編碼區設計引物,分別在引物兩端加入酶切位點EcoRI和BglII。2)從細胞中提取目的基因mRNA,然后逆轉錄成cDNA,然后從cDNA里面用引物把目的基因的CDS區擴增出來。PCR擴增出帶有酶切位點的目的基因編碼區序列,連接至pMD19-T載體后轉化至感受態DH5α,分別進行菌落PCR鑒定和酶切鑒定。3)使用EcoRI和BglII雙酶切下目的基因序列,電泳割膠回收純化,連接到pMSCV-eGFP載體。再次轉化到感受態DH5α,菌落PCR鑒定和酶切鑒定成功后,送至公司測序、鑒定。4)鑒定成功后,將質粒轉化至感受態DH5α中,并進行無內質粒抽提。GAG質粒和VSV質粒同樣可以轉化至感受態DH5α中,并進行無內質粒抽提。質粒抽提后冷凍于-20℃保存。2、慢包裝1)使用DMEM完全培養基培養6cm皿HEK293T至匯合度為70~80%。裸鼠科研技術服務外包這種技術是將蛋白質視為抗原,并利用抗體與之進行特異性結合的特性,來進行研究。

RNA甲基化修飾(m6A)研究RNA甲基化修飾約占所有RNA修飾的60%以上,而N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)是高等生物mRNA和lncRNAs上為普遍的修飾。目前發現microRNA,circRNA,rRNA,tRNA和snoRNA上都有發生m6A修飾。m6A修飾主要發生在RRACH序列中的腺嘌呤上,其功能由“編碼器(Writer)”、“消碼器(Eraser)”和“讀碼器(Reader)”決定[1]。“編碼器(Writer)”即甲基轉移酶,目前已知這個復合物的成分有METTL3,METTL14,WTAP和KIAA1429;而ALKBH5和FTO作為去甲基酶(消碼器)可逆轉甲基化;m6A由m6A結合蛋白識別,目前發現m6A結合蛋白(讀碼器)有YTH結構域蛋白(包括YTHDF1,YTHDF2,YTHDF3,YTHDC1和YTHDC2)和核不均一蛋白HNRNP家族(HNRNPA2B1和HNRNPC)。m6A酶系統METTL3是早先被鑒定為結合SAM的組件,其缺失引起小鼠胚胎干細胞、Hela細胞和HepG2細胞中m6Apeaks的減少。METTL3及其同源蛋白METTL14定位在富含剪切因子的細胞核內亞細胞器-核小斑(Nuclearspeckle)上,顯示m6A修飾可能和RNA的剪切加工相關。WTAP與METTL3–METTL14二聚體相互作用,并共定位于核小斑,影響甲基化效率,參與mRNA剪。而KIAA1429作為候選的甲基轉移酶復合體的新亞基。
靜置25分鐘后把酒精倒干,用吸水紙吸出多余的酒精,然后配壓縮膠,同樣的操作,關鍵是梳子要插得快,要小心梳子下產生氣泡,然后靜置30分鐘。如果是當天跑膠,我會等上層膠凝2個小時再用,但要注意防干燥縮水,可以在一個小時的時候沿著梳子上緣加點電泳液。所以我一般提前一晚制膠,泡于純水或者電泳液里置于4度冰箱暫存。三、蛋白電泳1、上樣前準備把膠組裝到電泳芯上,注意密閉性(否則漏液),如果內槽漏液就不是勻強電場了,條帶可能就不是一條直線。然后內槽倒滿電泳液,拔梳子,這一步要小心,梳子要兩邊一起緩緩往上拔出,然后觀察泳道內有無脫落的膠粒或者膠絲,有的話用1毫升注射器吸出。然后從冰箱取出蛋白樣品,解凍。準備振蕩器。2、上樣和電泳注意,上樣后蛋白會開始慢慢在膠中彌散,所以上樣越快越好。我習慣先上蛋白Marker,再上蛋白樣品,蛋白上樣前確保樣品完全解凍和充分振蕩(推薦使用振蕩器振蕩),吸的時候沒有拉絲即可,建議上樣分鐘把樣品從冰上取出來,不然樣品中SDS可能會結晶析出,從而影響電泳效果。上層膠80V25分鐘,下層膠120V65分鐘。四、轉膜1、轉膜前準備我會在電泳結束0分鐘準備,把轉膜液配好置于4度冰箱預冷,然后裁膜,準備轉膜裝置。干貨分享|選對實驗室常用培養基DMEM和1640。

RNA各種可逆的化學修飾被認為是一種新的表觀遺傳調控方式。m6A是真核生物mRNA常見的化學修飾,在調控mRNA穩定性,剪切和翻譯方面具有重要的作用。作者使用轉錄組測序發現了METTL3(甲基轉移酶3),一種主要的RNAN6-腺苷-甲基轉移酶,在人肝細胞(HCC)和多種實體中高表達。在臨床上,METTL3的過度表達與肝細胞患者不良預有關。體外實驗證明敲除METTL3會抑制HCC細胞增殖,遷移及克隆形成。體內實驗證明敲除METTL3會明顯抑制HCC體內成瘤和肺轉移。另外,使用CRISPR/dCas9-VP64系統,內源性高表達METTL3會促進HCC細胞在體外和體內生長。通過轉錄組測序、m6A-Seq、MeRIP-PCR,作者確定了SOCS2(細胞因子信號2的抑制因子)作為METTL3介導的m6A修飾的下游靶基因。敲除METTL3表達會消除SOCS2mRNAm6A修飾并增強SOCS2mRNA表達。m6A介導的SOCS2mRNA降解是依賴于m6A“讀取器”蛋白YTHDF2。總之,METTL3在HCC大部分高表達中,并通過m6A-YTHDF2依賴機制抑制SOCS2表達從而促進HCC進展。因此,作者發現了在肝發生過程中表觀遺傳改變的一種新機制。圖4RNA甲基化轉移酶METLLT3在肝組織中高表達。動物疾病模型還為科研人員提供了研究人類疾病的跨學科方法。海南豚鼠科研技術服務培養
建立疾病模型的目的是為了防治人類疾病。黑龍江組織科研技術服務實驗
首先,預實驗必須要當做正式實驗來對待(態度要放端正,這是必須的)。預實驗的每一步都需要詳細規劃,多方籌謀。不論是實驗動物的選擇,還是檢測試劑的購買,都盡量和正式實驗統一標準。建議大家先把所有試劑和購買完畢后,再去購買實驗動物。因為動物會長胖,長胖后給劑量就要增加,不僅多花錢,并且還容易影響實驗效果。筆者曾經提前將實驗動物買回,但因為特殊原因沒能購買到造模,終只能忍痛割愛將動物贈送他人,白白虧了一筆血汗錢(那批老鼠在我這兒白吃白喝長得太胖,沒辦法用作造模)。動物及試劑購買首先需要考慮:實驗動物品種、體重、性別、周齡(通常根據既往文獻報道可以獲得答案)、數量(需要考慮到實驗有一定動物死亡率或者動物本身會打架互毆,因此需要提前購買足夠的動物)。動物購買的途徑、安置的地點,飲食管理(一般實驗室會有動物房,也可以從其他地方購買),動物免證明、倫理證明需要提前準備好。實驗相關的試劑和:比如造模和,動物干預所需,陽性選擇及購買(有些購買很困難,必須通過特殊程序才能買到)。如果涉及到有創操作,要提前準備好(建議提前購買),手術。需要了解自身實驗平臺能完成哪些技術。黑龍江組織科研技術服務實驗