干細(xì)胞生物學(xué)研究的關(guān)鍵挑戰(zhàn)在于精確控制其自我更新與定向分化。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)可以用于大規(guī)模篩選能夠維持干細(xì)胞多能性、或誘導(dǎo)其高效、均一地分化為特定功能細(xì)胞類型的培養(yǎng)條件、細(xì)胞因子組合及小分子化合物。將干細(xì)胞分散到液滴中,并施加成千上萬種不同的誘導(dǎo)條件,進(jìn)而通過檢測(cè)特異性干性標(biāo)志物或譜系分化標(biāo)志物的表達(dá)來評(píng)估效果。這種超高通量的篩選能力能夠加速干細(xì)胞在疾病建模、藥物篩選和細(xì)胞替代療法等再生醫(yī)學(xué)領(lǐng)域的轉(zhuǎn)化應(yīng)用。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)以皮升 / 微升級(jí)液滴為單元,為單細(xì)胞或單菌提供單獨(dú)、隔離的培養(yǎng)微環(huán)境。湖南突變庫(kù)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)

液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)的未來演進(jìn)方向是邁向更高度的集成化和自動(dòng)化,即實(shí)現(xiàn)真正的“芯片實(shí)驗(yàn)室”。這意味著將細(xì)胞捕獲與封裝、培養(yǎng)環(huán)境動(dòng)態(tài)調(diào)控、多步試劑添加、時(shí)序性刺激施加、多模態(tài)檢測(cè)以及功能性分選等多個(gè)操作單元,全部微縮并無縫集成到一張精密的微流控芯片上。這種一體化設(shè)計(jì)能夠?qū)崿F(xiàn)全自動(dòng)、高通量的復(fù)雜生物學(xué)實(shí)驗(yàn)流程,很大限度上減少人為操作引入的誤差和交叉污染。更重要的是,它允許研究人員設(shè)計(jì)并執(zhí)行有時(shí)序控制的動(dòng)態(tài)刺激-響應(yīng)研究,例如先施加一種生長(zhǎng)因子,觀察細(xì)胞早期響應(yīng),再注入第二種信號(hào)分子,研究其組合效應(yīng)與反饋機(jī)制,從而極大地提升生命科學(xué)研究的精確度、復(fù)雜性和通量。
江蘇管式培養(yǎng)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)液滴培養(yǎng)結(jié)合下游測(cè)序技術(shù),可實(shí)現(xiàn)培養(yǎng)組學(xué)中基因型與表型的深度關(guān)聯(lián)分析。

基于活性的篩選是發(fā)現(xiàn)新型生物活性分子的關(guān)鍵,液滴培養(yǎng)組學(xué)將這種篩選的通量和效率提升到了新的高度。其要素在于將微生物的培養(yǎng)與其產(chǎn)生的特定活性在微液滴中直接關(guān)聯(lián)起來。首先,將單個(gè)微生物細(xì)胞與適宜的培養(yǎng)基封裝,進(jìn)行原位培養(yǎng)。待其生長(zhǎng)后,可以通過微流控操作向液滴內(nèi)注入特定的底物或指示系統(tǒng)。例如,為了篩選產(chǎn)酶菌株,可以向液滴中加入熒光標(biāo)記的底物類似物,如果微生物分泌了目標(biāo)酶(如蛋白酶、脂肪酶、角質(zhì)酶),它就會(huì)切割底物釋放出熒光信號(hào),該液滴隨即被標(biāo)記為陽性。為了篩選活性,可以將測(cè)試菌株與一種報(bào)告菌(如金黃色葡萄球菌)共封裝,或者先培養(yǎng)測(cè)試菌株,隨后注入報(bào)告菌和指示劑(如刃天青),通過報(bào)告菌的生長(zhǎng)抑制或代謝活性變化來識(shí)別相關(guān)物質(zhì)的產(chǎn)生。整個(gè)流程可以實(shí)現(xiàn)完全自動(dòng)化和高通量化,每天可以篩選數(shù)百萬個(gè)微生物克隆。由于液滴體積微小,陽性液滴中的代謝產(chǎn)物相對(duì)濃縮,也便于后續(xù)通過聯(lián)用的質(zhì)譜儀進(jìn)行快速鑒定。這種“培養(yǎng)-篩選-分選-分析”的一體化平臺(tái),省略了繁瑣的菌落挑取和發(fā)酵步驟,極大地加速了從環(huán)境樣本中發(fā)現(xiàn)新型酶制劑、藥物等先導(dǎo)化合物的進(jìn)程。
生物膜是微生物附著于表面形成的結(jié)構(gòu)化群落,是許多工業(yè)生物污損以及環(huán)境污染及種群影響的根源。研究生物膜形成的初始階段——即單個(gè)細(xì)胞的附著行為——在傳統(tǒng)流動(dòng)腔或宏觀模型中極具挑戰(zhàn)性。液滴培養(yǎng)系統(tǒng)可以通過在液滴內(nèi)創(chuàng)造液-固或氣-液界面來模擬初始的附著表面,并高通量地研究不同基因突變、表面材料特性或環(huán)境流體力學(xué)條件對(duì)單個(gè)細(xì)胞初始附著率及附著強(qiáng)度的影響,為理解生物膜形成的關(guān)鍵起始事件及其干預(yù)策略提供了新的研究窗口。通過封裝土壤等環(huán)境樣本,可直接從中原位分離并培養(yǎng)功能性的微生物。

石油烴類污染是嚴(yán)重的環(huán)境問題,利用微生物進(jìn)行生物修復(fù)是一條經(jīng)濟(jì)有效的途徑。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)為高效篩選和進(jìn)化高性能石油降解微生物菌株提供了強(qiáng)大的技術(shù)平臺(tái)。石油成分復(fù)雜,其降解往往需要多種微生物的協(xié)同作用。液滴系統(tǒng)能夠?qū)⒉煌奈⑸锝M合(如細(xì)菌、藻類)與微量的石油droplets(作為碳源和能源)共同包裹,形成一個(gè)微型的協(xié)同降解反應(yīng)器。通過這種高通量的共培養(yǎng)實(shí)驗(yàn),可以快速鑒定出哪些菌種組合能夠有效地降解特定石油組分(如烷烴、芳烴、瀝青質(zhì))。此外,該系統(tǒng)是進(jìn)行微生物定向進(jìn)化的理想工具。通過在液滴中提供選擇壓力,例如逐漸增加石油污染物的濃度或引入更難降解的組分,只有那些攜帶適應(yīng)性突變或高效降解基因的微生物才能在其中生存和繁殖。經(jīng)過多輪“培養(yǎng)-篩選-再封裝”的循環(huán),可以逐步富集和進(jìn)化出具有強(qiáng)降解能力的突變菌株。液滴的隔離性有效防止了適應(yīng)性突變基因在群體中的擴(kuò)散,確保了正向選擇的有效性。同時(shí),該系統(tǒng)可用于研究降解過程中的微觀機(jī)制,例如通過添加熒光標(biāo)記的底物類似物,可以實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)單個(gè)液滴內(nèi)底物的降解速率。這種基于液滴的高通量功能篩選和進(jìn)化策略。 液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)通過將細(xì)胞包裹在微滴中,實(shí)現(xiàn)高通量的單細(xì)胞培養(yǎng)與分析。湖南突變庫(kù)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
液滴培養(yǎng)組學(xué)以其高通量、低成本的優(yōu)勢(shì),成為生命科學(xué)研究的關(guān)鍵平臺(tái)技術(shù)。湖南突變庫(kù)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
微生物在應(yīng)對(duì)環(huán)境壓力(如代謝產(chǎn)物、噬菌體、毒性物質(zhì))時(shí),會(huì)進(jìn)化出多樣的適應(yīng)性策略。液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)為在實(shí)驗(yàn)室中實(shí)時(shí)、高通量地研究這種進(jìn)化動(dòng)力學(xué)提供了強(qiáng)大的進(jìn)化實(shí)驗(yàn)平臺(tái)。其基本策略是在液滴中創(chuàng)建強(qiáng)烈的選擇壓力。例如,可以將對(duì)某種代謝產(chǎn)物敏感的微生物群體分散到包含亞抑菌濃度或逐漸升高濃度代謝產(chǎn)物的液滴中進(jìn)行長(zhǎng)期傳代培養(yǎng)。液滴的物理隔離性使得每個(gè)液滴都成為一個(gè)單獨(dú)的進(jìn)化線,避免了抗性基因在群體間的水平基因轉(zhuǎn)移,從而迫使微生物只能依靠自身發(fā)生的隨機(jī)突變來適應(yīng)壓力。經(jīng)過多輪生長(zhǎng)和分選后,可以回收大量進(jìn)化出的抗性菌株。通過比較這些菌株的基因組和表型,可以系統(tǒng)地揭示代謝產(chǎn)物耐藥性的多種進(jìn)化路徑和分子機(jī)制。類似地,該系統(tǒng)可用于研究微生物對(duì)噬菌體的協(xié)同進(jìn)化。將細(xì)菌與噬菌體共同封裝,它們之間的“軍備競(jìng)賽”被限制在液滴內(nèi),可以觀察到細(xì)菌從敏感進(jìn)化出抗性,以及噬菌體相應(yīng)地進(jìn)化出新抗性菌株能力的全過程。這種高通量的并行進(jìn)化實(shí)驗(yàn),能夠生成前所未有的海量進(jìn)化數(shù)據(jù),幫助我們理解微生物適應(yīng)性的遺傳基礎(chǔ)、進(jìn)化重復(fù)性以及復(fù)雜性狀的起源,對(duì)于預(yù)測(cè)病原菌的進(jìn)化、開發(fā)新的策略以及理解生命進(jìn)化的基本規(guī)律具有深遠(yuǎn)意義。 湖南突變庫(kù)液滴培養(yǎng)組學(xué)系統(tǒng)
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